Przez cały dzień przez wieś przejeżdżały niemieckie kolumny pancerne i zmotoryzowane, jeden z oddziałów zatrzymał się tam także na biwak. Świadek władający językiem niemieckim, słyszał wówczas, jak jeden z odpoczywających żołnierzy mówił do kolegów: „najlepiej by było, aby tym Polakom głowy poucinać, bo na nic innego nie zasługują”. Jego uwaga nie spotkała się jednak z przychylną reakcją pozostałych żołnierzy, a rankiem 5 września oddział opuścił Kajetanowice i kontynuował marsz na zachód.
W nocy z 5 na 6 września w okolicach Kajetanowic pojawił się II batalion 42 pułku 46 Dywizji Piechoty. Doszło wówczas do gwałtownej wymiany strzałów, która nie spowodowała jednak żadnych ofiar w ludziach (batalion stracił tylko dwa konie)Źródła podają różne informacje co do godziny, kiedy nastąpił incydent. Barbara Bojarska, opierając się na zeznaniach polskich świadków, uznała, że niemiecki oddział wkroczył do wsi 5 września po godzinie 21:00. Jochen Böhler pisał, iż strzelanina, która zapoczątkowała masakrę rozpoczęła się „tuż po północy”.. W oficjalnych meldunkach za przyczynę strzelaniny uznano atak polskich partyzantów, którzy jakoby mieli urządzić zasadzkę na niemieckich żołnierzy i ostrzelać ich od strony wsi i pobliskiego lasu. W owym czasie nie istniał jednak w Polsce masowy ruch oporu.