Wzgórze ukształtowane zostało w klimacie peryglacjalnym, u schyłku zlodowacenia bałtyckiego (ok. 14–12 tys. lat temu), po uformowaniu Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej przez wody roztopowe lodowca. Po powstaniu przełomu dolnej Wisły pod Fordonem ok. 12 tys. lat temu, ustała erozja boczna wód płynących powiększająca wysokość względną wzniesienia, natomiast wzmogły się procesy denudacyjne. Nie utrwalone jeszcze przez szatę roślinną podlegało osuwaniu, spełzywaniu i spłukiwaniu przez wody opadowe i podziemne. W sąsiedztwie powstały dolinki odwadniane przez cieki wodne i wzgórze pozostało jako ostaniec pierwotnej wysoczyzny morenowej. U jego podnóża wypłukany przez cieki materiał osadził się w postaci stożków napływowych. Naturalna wysokość Góry Myślęcińskiej wynosiła 97 m n.p.m., nawiązując do poziomu Wysoczyzny Osielskiej. W latach 2005–2010 wzgórze sztucznie podwyższono o 10 metrów, co miało związek z przebudową stoku narciarskiego.
Pod względem fizycznogeograficznym wzgórze znajduje się w obrębie mikroregionu Zbocze Fordońskie, na granicy makroregionów: Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka i Pojezierze Południowopomorskie.