Prace Włodzimierza Gutekunsta z dziedziny prawa karnego z reguły nie ograniczały się do egzegezy tekstu ustawy. Rozpatrywały one zagadnienia prawa karnego w konfrontacji z konkretną praktyką wymiaru sprawiedliwości, wywołując dyskusję o ogólnych problemach metodologicznych, w której dostrzegano konieczność stosowania w badaniach nie tylko tradycyjnej metody dogmatycznej. Drugą sferą zainteresowań naukowych była kryminalistyka. Był on autorem wielu publikacji z tej dziedziny wiedzy, m.in. W obronie daktyloskopii, O dowodach rzeczowych w naszej rzeczywistości, Tworzenie wersji zdarzenia w toku postępowania karnego, Programowanie przesłuchania, Taktyka przesłuchania nieletnich czy Początki kryminalistyki. Szczególną zasługą profesora stało się pionierskie opracowanie zarysu systemu owej nauki w doskonałym podręczniku uniwersyteckim zatytułowanym Kryminalistyka (wyd. pierwsze 1965, drugie 1974). Edycja poprzedzona była opublikowaniem makiety dzieła w formie skryptu. Podręcznik ten, oparty na bogatej kryminalistycznej literaturze polskiej i obcej, uwzględniający zdobycze także nauk medycznych, psychologii, psychiatrii, chemii, fizyki i procesu karnego. Trzecią dziedziną zainteresowań naukowych Włodzimierza Gutekunsta była kryminologia.