Konwencja powołała do życia trzy organy: Konferencję Stron (ang. Conference of the Parties; COP), będącą głównym organem wykonawczym konwencji na poziomie międzynarodowym i składającą się z przedstawicieli wszystkich stron konwencji; Komitet ds. Przeglądu Trwałych Zanieczyszczeń Organicznych (ang. Persistent Organic Pollutants Review Committee; POPRC), będący organem pomocniczym Konferencji Stron i zajmujący się badaniem propozycji dodania nowych substancji do załączników konwencji; Sekretariat odpowiedzialny za zadania administracyjne.
Przedmiotem regulacji konwencji jest produkcja i stosowanie, a także import i eksport substancji z grupy trwałych zanieczyszczeń organicznych. Terminem tym określa się substancje chemiczne wykazujące toksyczność dla ludzi i zwierząt, dużą odporność na rozkład w środowisku oraz możliwość przenoszenia się na dużą odległość od miejsc ich uwolnienia do środowiska. Cechują się także rozpuszczalnością w tłuszczach i zdolnością do bioakumulacji w tkankach roślinnych i zwierzęcych.