mogą eksprymować cząsteczki na swojej powierzchni lub wydzielać je do otoczenia (płynów ciała). Czynnikiem wyróżniającym takie substancje jest to, że wiążą się specyficznie i dość silnie z określonymi białkami gospodarza, zwanymi przeciwciałami. Takie same przeciwciała mogą być zakotwiczone na powierzchni komórek układu immunologicznego, gdzie pełnią funkcję receptorów lub też wydzielone do krwi w formie rozpuszczalnej. Pełniące funkcję antygenów białka są stosunkowo duże w skali molekularnej, nie mogą więc ulegać rozpoznaniu jako całość. Rozpoznawane są więc ich fragmenty nazywane epitopami. Epitop styka się z niewielkim fragmentem cząsteczki przeciwciała, nazywanym paratopem. Przeciwciało związane z błoną komórkową nosi nazwę receptora limfocytu B (B cell receptor – BCR). Choć receptor limfocytu T nie zalicza się pod względem biochemicznym do klasy przeciwciał, pełni zbliżoną funkcję w takim sensie, że wiąże się w sposób swoisty z epitopami pozostającymi w kompleksie z białkami głównego układu zgodności tkankowej (MHC – major histocompatibility complex). Wiązanie pomiędzy paratopem a odpowiadającym mu antygenem ma charakter bardzo swoisty ze względów strukturalnych.