Nieswoiste rozpoznanie przez makrofagi Makrofagi i podobne komórki wykorzystują inny mechanizm rozpoznawania patogenów. Ich receptory rozpoznają określone motywy obecne u patogenów, co do których nie istnieje duże prawdopodobieństwo, że mogą występować na komórkach gospodarza. Takie powtarzalne motywy są rozpoznawane przez receptory rozpoznające wzorce molekularne (PRRs – pattern recognition receptors), jak na przykład receptory Toll-podobne (TLRs – Toll-like receptors) obecne na powierzchni makrofagów. Jako że jeden receptor może wiązać się z danym motywem na powierzchni całkiem odmiennych mikroogranizmów, taki sposób rozpoznawania patogenów jest stosunkowo niespecyficzny i jest składnikiem odpowiedzi wrodzonej.
Przetwarzanie antygenu thumb|right|300px|Etapy pochłaniania patogenu przez makrofaga Po rozpoznaniu antygenu komórka prezentująca antygen, jak na przykład makrofag czy limfocyt B, wchłania go całkowicie na drodze fagocytozy. Wchłonięta cząsteczka, wraz z częścią otaczających ją substancji, tworzy pęcherzyk endocytarny (fagosom), który ulega fuzji z lizosomem. Wewnątrz lizosomu proteazy (enzymy degradujące białka) rozbijają antygen na mniejsze fragmenty, peptydy.