Pełne uprawnienia uniwersyteckie i tym samym możliwość nadawania stopni naukowych uznawanych w całym świecie chrześcijańskim nadał Albertynie (na prośbę księcia Albrechta) król Polski Zygmunt August, który 28 marca 1560 obdarzył uczelnię takimi samymi przywilejami, jakie posiadała Akademia Krakowska... zapomniana uczelnia Rzeczypospolitej.
W latach 1654–1664 profesorem zwyczajnym matematyki na uczelni był Andreas Concius, autor prac matematycznych, astronomicznych i geograficznych oraz kalendarzy. W 1664 sprawował również urząd rektora uniwersytetu, jednak 30 września tego samego roku objął kierownictwo szkoły staromiejskiej w Królewcu. Jego wykłady uniwersyteckie obejmowały m.in. arytmetykę, geometrię, optykę, astronomię, geografię, chronologię i budownictwo fortyfikacyjne.
Polacy na uczelni Wśród pierwszych profesorów uczelni byli Abraham Kulwieć, wykładowca greki i hebrajskiego, oraz Stanisław Rafajłowicz, wykładowca teologii (nie znał niemieckiego, wykłady odbywały się po łacinie). Astronomii nauczał Maciej Menius, profesor matematyki w gdańskim gimnazjum, który w Królewcu wydał w 1584 książkę Themata de circulis Spherae Materialis. Wykładał tu także luterański teolog Hieronim Malecki.