Stany Zjednoczone oskarżały go o fałszowanie wyborów, handel narkotykami i łamanie praw człowieka. W marcu 1989 miał miejsce pierwszy nieudany zamachu stanu (zaplanowany przez CIA). Ostatecznie został obalony przez wojska amerykańskie (Operation Just Cause) w 1989. Podczas inwazji schronił się w nuncjaturze papieskiej, licząc na azyl polityczny. Jednakże wkrótce został zmuszony opuścić nuncjaturę z powodu głośnej muzyki (heavy metal) nadawanej przez wojsko amerykańskie pod jej budynkiemTygodnik Polityka, nr 38/2007 s. 58.. Następnie został uprowadzony i przewieziony do Stanów Zjednoczonych. Oskarżony o handel narkotykami został skazany w 1992 na 40 lat więzienia. Frank Rubino, adwokat Noriegi, powiedział, że ten wyjdzie z więzienia 9 września 2007. W marcu 2007 potwierdzono, że jeżeli Noriega wróci do Panamy, może stać się wolnym człowiekiem po wyjściu z więzienia Stanów Zjednoczonych. Rząd Panamy próbował bez rozgłosu wprowadzić pozwalające na to nowe prawo.