Budowa nowego kościoła trwała w latach 1725-1726. Wykonana na rzucie krzyża salowa murowana świątynia w dużej mierze zachowała się do dziś. Była to skromna budowla, z nierozczłonkowanym prostokątnym korpusem i drewnianą wieżą zlokalizowaną w zachodniej części. We wnętrzu ulokowano płyty nagrobne ze starego kościoła.
W 1842 roku konstrukcja kościoła częściowo ucierpiała w wyniku pożaru, który swoim zasięgiem objął historyczne centrum Łagowa, w tym zamek i zabudowę zlokalizowaną między bramami miejskimi. W 1876 roku kościół został przebudowany i rozbudowany. Elewacje korpusu uzyskały wystrój klasycyzujący; w trakcie prac wzniesiono transept, murowaną wieżę z wąskim przęsłem wieżowym mieszczącym klatki schodowe oraz symetryczne wieżyczki schodowe. Remont objął także wnętrze, które wzbogaciło się o empory i nowe stropy.
Kościół w Łagowie pozostawał świątynią ewangelicką aż do 1945 roku, kiedy to zgodnie z postanowieniami konferencji poczdamskiej obszar ziemi lubuskiej na wschód od Odry został przyznany Polsce, a sam kościół zaczął służyć napływającym osadnikom wyznania katolickiego. 28 października 1945 roku w Uroczystość Chrystusa Króla doszło do poświęcenia świątyni jako kościoła katolickiego pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela.