XXI wiek SKM stała się jednym z ważniejszych środków komunikacji aglomeracyjnej. Postępują włączanie jej w system transportu miejskiego Warszawy oraz integracja kolejowej komunikacji aglomeracyjnej przez włączenie do niej ruchu regionalnego. Komunikacja kolejowa jest najszybszym środkiem komunikacji w aglomeracji osiągając prędkość handlową około 40 km/h.
W 2011 roku spółka wydzierżawiła na 20 lat część stacji postojowej Warszawa Szczęśliwice na Odolanach.
W 2025 roku łączna długość tras SKM wynosiła 206 km, a spółka miała 49 pociągów.
Linie
Stan z dniaS1S2S3S4S9S10S4010.06.2025Pruszków– OtwockWarszawa Lotnisko Chopina– Sulejówek MiłosnaWarszawa Lotnisko Chopina – LegionowoPiaseczno – Wieliszew / Zegrze PołudniowePiaseczno – Wieliszew / Radzymin12.03.2023 Warszawa Aleje Jerozolimskie– Sulejówek Miłosna Warszawa Lotnisko Chopina– Legionowo Piaski / Wieliszew / Radzymin Piaseczno– Legionowo / Wieliszew liniazawieszona Warszawa Aleje Jerozolimskie– Otwock30.08.2021 Warszawa Lotnisko Chopina– Sulejówek Miłosna2.01.2020 Warszawa Lotnisko Chopina– Wieliszew / Radzymin Warszawa Zachodnia– Legionowo Piaski / Wieliszew15.12.2019 Warszawa Lotnisko Chopina– Legionowo Piaski / Wieliszew8.11.2018 Warszawa Lotnisko Chopina– Legionowo Piaski / Wieliszew3.09.2017 Warszawa Zachodnia – Otwock12.03.2017 Pruszków– Otwock12.09.2013 Warszawa