Wojna trzydziestoletnia nie oszczędziła Kłodzka, które w 1622 było oblegane, zdobyte i zniszczone przez wojska cesarskie. Dawny klasztor Augustianów uległ zniszczeniom, natomiast Madonna Kłodzka trafiła w ręce burgrabiego Johanna Georga Semlinga, przekazano dzieło luterańskiemu szlachcicowi Adrianowi von Eckersdorfowi z Ławicy, który je ukrył w swoim domu w Ząbkowicach Śląskich. W roku 1625 po zakończeniu walk o Kłodzko, które przejęły wojska cesarskie, gotycki obraz stał się ozdobą miejscowej fary. Po dwóch renowacjach w 1811 i 1834 roku obraz znalazł się w Królewskim Gimnazjum Kłodzkim do 1902 roku, kiedy to berlińskie Muzeum Cesarza Fryderyka (Kaiser-Friedrich-Museum) zakupiło obraz. Po ostatniej wojnie obraz przejęła Fundacja Pruskiego Dziedzictwa Kulturowego, był prezentowany w Centrum Muzealnym Berlin-Dahlem na terenie Berlina Zachodniego a po zjednoczeniu Niemiec został przeniesiony do nowo wybudowanej Gemäldegalerie przy Kulturforum, w sąsiedztwie Placu Poczdamskiego.