W czasie II wojny światowej zabudowa Unter den Linden została w znacznym stopniu zniszczona. Uszkodzeniu uległ też Lindentunnel, który po przeprowadzeniu prac naprawczych został otwarty w 1950 roku, jednak już rok później zamknięto go dla ruchu tramwajowego, a jego wlot południowy zamurowano. W późniejszych latach przeprowadzono odbudowę znajdujących się we wschodniej części alei monumentalnych, reprezentacyjnych gmachów, tj. Zeughaus, Staatsoper czy Uniwersytet Humboldtów. Nie licząc budynku ambasady ZSRR (obecnie ambasady Rosji), wzniesionego w latach 1949–1952, zagospodarowywanie zachodniej części Unter den Linden rozpoczęto dopiero w latach 60. XX wieku. Obok ocalałych kamienic z przełomu XIX i XX wieku zbudowano wtedy budynki reprezentujące ówcześnie modny styl modernistyczny tj. siedziby ambasad zaprzyjaźnionych z NRD państw (np. siedziba ambasady Polski (PRL) wybudowana w 1964 roku i siedziba ambasady Węgier oddana do użytku w 1965 roku), a także gmachy biurowe i użytkowe, wśród których był m.in. budynek wschodnioniemieckiego Ministerstwa Oświaty Ludowej wybudowany w 1961 roku oraz Hotel Unter den Linden wzniesiony w latach 1964-1966.