Wymiana taboru thumb|Mechanizm schodów ruchomych w praskim metrze. Wtedy też rozpoczęto wycofywanie radzieckich wozów typu Ečs i modernizację wagonów 81-71. Czas eksploatacji zmodernizowanych wagonów zaplanowano na 15 lat i w 2010 r. planowano całkowitą wymianę zużytego taboru.
Powódź w 2002 r. W sierpniu 2002 r. metro znacznie ucierpiało w wyniku powodzi, która nawiedziła Europę Środkową. 19 stacji zostało zatopionych (patrz mapa), powodując częściowe zatrzymanie ruchu metra. Straty oszacowano na 7 miliardów koron czeskich (ponad 200 mln dolarów wg ówczesnego kursu). Zalane przez powódź stacje wyłączono z ruchu na kilka miesięcy, a ostatnią z nich (Křižíkova) ponownie otwarto w marcu 2003 r. Na niektórych stacjach umieszczono w ścianach srebrne linie wskazujące poziom wody podczas powodzi.
Najnowsze inwestycje 26 czerwca 2004 otwarto północną część linii C ze stacjami Kobylisy i Ládví. Wybudowano ją pod dnem Wełtawy przy pomocy metody „wysuwanych tuneli”. 26 maja 2006 otwarto stację linii A przy STP Hostivař, a 8 maja 2008 odcinek IV.C2 ze stacjami Střížkov, Prosek i Letňany.