Okres powojenny i proces 10 maja 1945 Fischer został aresztowany przez Amerykanów. Przez kilka miesięcy był osadzony w więzieniu amerykańskim. 30 marca 1946 został ekstradowany do Polski. Wraz z trzema innymi członkami hitlerowskich władz okupowanej Warszawy (Ludwigiem Leistem – starostą Warszawy, Josefem Meisingerem i Maxem Daume) stanął przed Najwyższym Trybunałem Narodowym. Proces rozpoczął się 17 grudnia 1946 w sali Związku Nauczycielstwa Polskiego przy ul. Smulikowskiego 6/8. Fischera oskarżono o organizowanie lub tolerowanie zarządzanych przez gestapo masowych łapanek i egzekucji, zbrodnie popełniane w gettach żydowskich, niszczenie kultury polskiej, zniszczenie większości budynków na terenie Warszawy po powstaniu warszawskim oraz za zburzenie getta warszawskiego. W bardzo dobrze udokumentowanym procesie został uznany za winnego popełnionych zbrodni z wyjątkiem dwóch ostatnich zarzutów burzenia budynków na terenie Warszawy i zburzenia getta. 3 marca 1947Kalendarium 3 marca. został skazany na karę śmierci. Prezydent Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski. 8 marca 1947 Fischer został stracony przez powieszenie w więzieniu przy ul. Rakowieckiej w Warszawie. Egzekucję udokumentowano wykonując zdjęcia i film. Wynika z nich, że egzekucja nie przebiegała bez problemów.