10 sierpnia 1932, po likwidacji Kierownictwa Fortyfikacji, został przeniesiony do 39 pułku piechoty Strzelców Lwowskich w Jarosławiu na stanowisko zastępcy dowódcy pułkuDziennik Personalny Ministra Spraw Wojskowych z 9 grudnia 1932 r., Nr 13, s. 424.. Wyznaczenie na to stanowisko było w ocenie ppłk. Bagińskiego złośliwością ze strony ówczesnego szefa Sztabu Głównego, gen. bryg. Janusza Gąsiorowskiego, który dwa lata później miał wpłynąć na szefa Biura Personalnego MSWojsk., płk. Ignacego Misiąga, by nie wyznaczał go na stanowiska służbowe w Generalnym Inspektoracie Sił Zbrojnych, Sztabie Głównym bądź Wojskowym Biurze Historycznym, lecz przedstawiał jego kandydaturę na stanowisko dowódcy pułku piechotyPismo ppłk. dypl. inż. Henryka Bagińskiego ..., s. 50.. 8 kwietnia 1934 został przeniesiony do dyspozycji szefa Korpusu Kontrolerów z zadaniem kontrolowania oddziałów saperówDziennik Personalny Ministra Spraw Wojskowych z 7 czerwca 1934 r., Nr 11, s. 166.. W dyspozycji pozostawał przez pięć lat, do wiosny 1939, „co pół roku składając karty służbowe o przeniesienie na stanowisko liniowe w saperach i w piechocie, lecz bez skutku”Pismo ppłk. dypl. inż. Henryka Bagińskiego ..., s. 51.. W grudniu 1937 miał złożyć zażalenie do Prezydenta RP na postępowanie Ministra Spraw Wojskowych.