W wyniku projektu duchy przekształcają się w widma (), które opisywane są jako „mroczne nadludzkie istoty nastawione na wykonywanie woli ich prawdziwego mistrza”.
Głównym bohaterem gry miała być Nova, terrański duch (psioniczny agent szpieg) przydzielony do jednej z eskadr Dominium Terran, Eskadry Nova i pracujący dla pułkownika Jacksona Haulera w jego drużynie. Kiedyś była członkiem starej konfederackiej rodziny, jednak podczas szkolenia duchów jej pamięć została wymazana. Nova kończy swój trening i zostaje wysłana na niebezpieczną misję przeciwko Frontowi Wyzwolenia Koprulu, rebelianckiej grupie, która rzuciła wyzwanie imperium Mengska. Jednak misja doprowadza ją do odkrycia spisku, który obejmuje również „Projekt Ostrze Cienia”. Te rewelacje stawiają pod znakiem wątpliwości jej wierność wobec Dominium i mogą zakłócić równowagę sił w galaktyce. W wyniku tego Nova musi dokonać wyboru między jej lojalnością wobec Jacksona Haulera i Arcturusa Mengska.