W przypadku wykrycia, przeciwnicy rozpoczynaliby polowanie na nią, rozstawiając pułapki lub strzelając na ślepo w celu zniwelowania urządzenia maskującego ducha.
Ponadto gracz miał rozwiązywać proste zagadki w niektórych częściach gry w celu ominięcia zabezpieczeń „zamków”. Przykładowo w celu ominięcia zabezpieczeń zergów, energia psi Novy musiała pasować z kodem systemu, a gracz miał wypracować wzorce fal o odpowiednim kolorze do symulacji tego.
Nova miała być bardzo zwinną oraz akrobatyczną postacią, posiadającą szeroką gamę ruchów bojowych, takich jak zwisanie i wspinaczka po ścianach oraz zjazd w dół na tyrolce. Ponadto StarCraft: Ghost miał zawierać kompleksowy system walki, dzięki któremu Nova mogła angażować się w walkę wręcz i wykorzystywać odpowiednie umiejętności, aby w cichy sposób wyeliminowywać wrogie zagrożenia. Przykładowo mogła wykorzystać specjalne techniki, takie jak „dangle snipe”, podczas której wisiała zaczepiona nogami na rurach lub drutach i w tym samym momencie strzelała do przeciwnika lub dokonywać błyskawicznych zabójczych ataków z ukrycia. Nova mogła również zainicjować ciche zabójstwa, podczas których łamała oponentom karki. Ponadto gracz mógł używać różnych kombinacji przycisków przy różnych przeciwnikach.