Równocześnie w czasie manifestacji Frontu głoszone były coraz bardziej radykalne hasła antyrządowe, w tym wezwania do siłowego obalenia rządu Komunistycznej Partii Azerbejdżanu. 13 stycznia 1990 na łamach Prawdy ukazał się apel najwyższych władz państwowych do ludności republik Azerbejdżańskiej i Armeńskiej o powstrzymanie się od aktów przemocy i dalsze życie w pokoju. Nie mógł on osiągnąć zakładanych celów. Jeszcze tego samego dnia wiec Ludowego Frontu Azerbejdżanu w Baku zmienił się w antyormiański pogrom. W ocenie niektórych autorów wydarzenie to zostało wywołane przez radzieckie służby specjalne, by wytworzyć pretekst dla interwencji wojskowej w Baku. Inni badacze wskazują na wewnętrzne tarcia w Komunistycznej Partii Azerbejdżanu i dążenie niektórych jej czołowych działaczy do usunięcia sekretarza generalnego, Əbdürrəhmana Vəzirova.