Sejm został jednak zerwany, zaś nota protestacyjna, wysłana przez Załuskiego do dworu berlińskiego na poczynania posłów pruskich, niczego nie mogła zmienić.
Po owej klęsce przygotował na przełomie 1744/1745 r. pismo zatytułowane: Rzetelna Relacja, w którym wyjaśniał przyczyny i skutki klęski sejmowej 1744 r. Wskazywał na rolę Prus w niepowodzeniu obrad i tłumaczył potrzebę współpracy z Rosją.
Od początku 1746 r. Załuski przygotowywał sejm warszawski 1746 r. Wziął też udział w Radzie Senatu we Wschowie, gdzie wypowiedział się przeciwko prodworskiej konfederacji, którą proponował H. Brühlowi Antoni Potocki, wojewoda bełski.
Biskup krakowski Po śmierci biskupa krakowskiego Jana A. Lipskiego, Załuski otrzymał w maju 1746 r. nominację na biskupstwo krakowskie. Jednocześnie opuścił opactwa w Paradyżu i Czerwińsku, a także złożył pieczęć większą koronną. Jako biskup krakowski, dążył do dokładnego poznania swej diecezji. Reaktywował wizytacje archidiakońskie, nakazał przeprowadzić wizytację generalną, która odbyła się w latach 1746–1748. Dążył on przy tym do uzyskania tabelarycznego obrazu swego biskupstwa.