Współtwórca Biblioteki Załuskich i animator życia intelektualnego Znawca i miłośnik książek, gromadził księgozbiór od 15. roku życia. Po zapoznaniu się z wielkimi bibliotekami zachodnioeuropejskimi i pod wpływem brata Andrzeja Stanisława powziął zamiar oddania połączonych zbiorów braci Załuskich do użytku publicznego. W 1732 opublikował Programma literarium (wznowienia 1743, 1756), w której – obok zapowiedzi otwarcia biblioteki publicznej – nakreślił szeroki program wydawniczy oparty na zbiorach biblioteki oraz wzywał zainteresowanych do pomocy w gromadzeniu księgozbioru i przygotowaniu zapowiadanych bibliografii i wydawnictw źródłowych. Gromadząc z namiętnością bibliofila druki i rękopisy stworzył podstawowy zrąb założonej wspólnie z bratem Andrzejem Biblioteki Załuskich (1747–1794). J.A. Załuski brał udział w aukcjach i licytacjach, na których nabywał całe księgozbiory, miał swoich agentów w różnych miastach, utrzymywał stosunki z księgarzami niemal całej Europy. Podróże krajowe i zagraniczne dawały mu okazję do poznawania bibliotek, prywatnych i klasztornych. Erudyta, przeglądał i opracowywał wszystkie dzieła pozyskane dla Biblioteki Załuskich.