Kramer był wielkim zwolennikom teorii realności czarów i istnienia sekty czarownic. Wedle własnych słów jako inkwizytor do roku 1486 skazał na śmierć 48 domniemanych czarownic w Ravensburgu i kilku innych miejscowościach w diecezji Konstancja. Wobec oporu lokalnych władz świeckich i kościelnych wobec wszczynanych przez Kramera procesów 5 grudnia 1484 papież Innocenty VIII wydał bullę Summis desiderantes affectibus, potwierdzającą jego uprawnienia inkwizytorskie na terenie kilku niemieckich prowincji. Bulla dotyczyła także inkwizytora Jakoba Sprengera z Kolonii. Wykorzystując upoważnienie zawarte w papieskiej bulli Kramer wzmógł swoją działalność wymierzoną przeciwko rzekomym czarownicom, co doprowadziło go do konfliktu z biskupem diecezji Brixen, Georgiem Golserem. Konsekwencją tego wyroku był nakaz opuszczenia miasta wydany Kramerowi przez biskupa. Właśnie to zdarzenie popchnęło inkwizytora do stworzenia teoretycznej podbudowy swoich działań. W 1486 stworzył traktat o czarownictwie, który został włączony do Malleus Maleficarum (Młot na czarownice) – wydanej w 1487 księgi, która uczyniła go sławnym.