Jak twierdził sam Kramer, w latach 1481–1491 skazał na śmierć około 200 czarownicBroedel, s. 14, uważa, że Kramer wyolbrzymiał swoje osiągnięcia w ściganiu czarownic. Nie ma dowodów, by po publikacji Młota na czarownice Kramer przewodniczył procesom o czary, a w Młocie podawał, że skazał na śmierć jedynie 48 osób.. Swoich przeciwników, którzy kwestionowali istnienie czarownic, oskarżał o herezję.

Relacje z władzami zakonnymi i kościelnymi Kramer otrzymał imienne wsparcie od trzech kolejnych papieży. Byli to Sykstus IV, Innocenty VIII oraz Aleksander VI: Sykstus IV w 1478 powołał Kramera na inkwizytora. Wraz z Jakobem Sprengerem, jako współpracownikiem, Sysktus IV ponownie powołał go na inkwizytora w 1482, a w liście potwierdzającym jego pozycję inkwizytorską nie szczędził mu słów uznania, pochwalając go jako słynącego z "gorliwości religijnej, znajomości piśmiennictwa, prawości życia, stałości wiary, oraz innych godnych cnót i zasług". Innocenty VIII wydał w 1484 roku, na dostarczony osobiście przez Kramera wniosek, słynną papieską bullę Summis desiderantes affectibus, która ponawiała i wzmacniała uprawnienia Kramera i Sprengera do wytępienia czarownic w Niemczech oraz gwarantowała im nietykalność, którą miał zapewnić biskup Strasburga Albrecht von Pfalz-Mosbach. Aleksander VI w 1500 roku nie tylko ustanowił Kramera