20 marca 2013 parlament udzielił rządowi Alenki Bratušek wotum zaufania większością 52 głosów.
W kwietniu 2014 utraciła przywództwo w partii, przegrywając ze swoim poprzednikiem, 29 kwietnia wystąpiła z partii. 3 maja 2014 podała się do dymisji, która została przyjęta 8 maja 2014. 31 maja tego samego roku założyła nową partię o nazwie Sojusz Alenki Bratušek. Z jego ramienia uzyskała mandat poselski w wyniku przedterminowych wyborów z 13 lipca 2014. Obowiązki premiera sprawowała do 18 września 2014, kiedy to został powołany nowy rząd, na którego czele stanął Miro Cerar. Od kwietnia 2014 jednocześnie pełniła obowiązki ministra zdrowia.
Alenka Bratušek była pierwotną kandydatką (zgłoszoną przez swój ustępujący gabinet) na słoweńskiego członka nowej Komisji Europejskiej Jean-Claude’a Junckera, jednak w październiku 2014 jej kandydatura została wycofana z powodu sprzeciwu Parlamentu Europejskiego, a także niechęci do jej kandydatury ze strony nowego słoweńskiego rządu, który rekomendował następnie kandydaturę Violety Bulc.