Lata 1999–2004 były również okresem, w którym zespół nosił nazwę FK Austria Memphis Magna, pochodzącą od nazwy konsorcjum nowego właściciela. W 2004 roku powrócono do poprzedniej nazwy.
Podczas sezonu 2004/2005 Austria Wiedeń odniosła największy od 1978 roku sukces w międzynarodowych pucharach, docierając do ćwierćfinału Pucharu UEFA, gdzie odpadła z rozgrywek po dwóch remisach z zespołem Parmy. 2005 rok przyniósł drużynie zwycięstwo w Pucharze Austrii. W listopadzie 2005 roku Frank Stronach zrezygnował ze swojego stanowiska co spowodowało również odejście w kolejnym letnim okienku transferowym kluczowych zawodników klubu takich jak Roland Linz, Vladimír Janočko, Joey Didulica, Libor Sionko, Filip Šebo czy Sigurd Rushfeldt. Sezon 2005/06 zespół zakończył z tytułem Mistrza Austrii i z Pucharem Austrii.
Mimo utraty kluczowych zawodników i ze znacznie ograniczonym budżetem, w sezonie 2006/2007 Austria Wiedeń po raz kolejny z rzędu zdobyła Puchar Austrii oraz zdołała zakwalifikować się do fazy grupowej Pucharu UEFA (po wygranej z Legią Warszawa 2:1 w dwumeczu) wcześniej odpadając z Ligi Mistrzów po przegranej z Benfiką Lizbona w rundzie wstępnej.