Klasztor zachował swoje znaczenie także pod zaborem austriackim. Był znaczącym ośrodkiem życia zakonnego, od 1798 zakonnicy prowadzili przy nim studium teologiczne, zaś od 1816 – szkołę główną. W latach I wojny światowej i wojny polsko-bolszewickiej kompleks doznał poważnych strat, jednak został odremontowany dzięki staraniom opata Daniela Magońskiego. W dwudziestoleciu międzywojennym nadal był siedzibą bernardynów i prowadzonych przez nich szkół, w tym Państwowego Gimnazjum im. Henryka Sienkiewicza.
Zakonnicy zostali zmuszeni do opuszczenia Zbaraża dopiero w 1945, gdy władze radzieckie postanowiły zaadaptować zabytkowy klasztor na szpital, a następnie zakład wytwarzający półprzewodniki. Spowodowało to ogromne zniszczenia w kompleksie budynków sakralnych.
Bernardyni odzyskali klasztor w Zbarażu w 1990. Kościół klasztorny był jednak do tego stopnia zniszczony, że nabożeństwa nie mogły się w nim odbywać, miejscowa wspólnota rzymskokatolicka korzystała jedynie z niewielkiej kaplicy. 3 września 2000 rzymskokatolicki metropolita lwowski Marian Jaworski poświęcił powtórnie odrestaurowany kościół klasztorny, w obecności delegacji bernardynów, przedstawicieli miejscowego duchowieństwa greckokatolickiego, władz miejskich, polskich dyplomatów z konsulatu we Lwowie.