Oprócz połączeń autobusowych Choszczówka ma dogodne połączenie kolejowe z centrum Warszawy, które zapewnia przystanek kolejowy Warszawa Choszczówka. W grudniu 2010 warszawska Szybka Kolej Miejska uruchomiła linię S9 łączącą dworzec Warszawa Gdańska z Legionowem Piaski, a od roku 2012 linia S9 została wydłużona do dworca Warszawa Zachodnia. W dniu 1 czerwca 2012 Szybka Kolej Miejska uruchomiła nową linię S3 łączącą Legionowo z Lotniskiem Chopina przez Warszawę Wschodnią. Od 2013 linia S3 została przedłużona do Wieliszewa. Choszczówka leży po dwóch stronach linii kolejowej E-65 z Warszawy do Gdańska. Obydwie części Choszczówki łączy 200-metrowy wiadukt w ul. Jeżowskiego wybudowany w latach 2010–2012 przez Polskie Linie Kolejowe S.A. i oddany do użytku w czerwcu 2012 (oficjalnie we wrześniu 2012). Wiadukt ten zastąpił niebezpieczny przejazd kolejowo-drogowy w ul. Mehoffera, na którym w grudniu 2010 doszło do niebezpiecznego wypadku – pociąg Intercity Norwid relacji Gdynia–Kraków zderzył się z autobusem linii 133.