Organy lewo|mały|Organy W 1628 roku prace przy ówczesnych organach wykonywał organmistrz narodowości węgierskiej, Sebastian Staub. Dziesięć lat później podjęto decyzję o budowie nowego instrumentu. Odpowiedzialny za jego wykonanie był Walenty Gorcius. Budowę ukończono przed 1640 roku, gdyż w tym roku odnotowano informację o złym stanie dachu, przez który woda deszczowa przeciekała do organów. Według ustaleń z 1663 roku instrument był rozstrojony i niegrający, dlatego remontował go organmistrz Albert. W tym czasie, w zastępstwie był używany pozytyw z chóru zakonnego. Oba instrumenty spłonęły podczas pożaru kościoła w 1693 roku.
Świątynia została odbudowana na początku XVIII wieku. Z tego okresu pochodzi prospekt organowy, który obecnie stanowi centralną część fasady organów zbudowanych w 1937 przez firmę Stefana Truszczyńskiego z Włocławka, a ufundowanych przez Stanisławę Horkową z Sieradza. Prospekt ten jest pozostałością nieznanych bliżej organów, zniszczonych po kasacie zakonu dominikanów (pod koniec XIX w.).
W 1960 na strychu zainstalowano nową dmuchawę elektryczną, natomiast w 1974 firma Dymitra Szczerbaniaka z Łodzi zamontowała nowy miech pływakowy oraz dokonała kilku zmian w dyspozycji.