Masakra w Przemyślu (1939) – masowy mord na żydowskich mieszkańcach Przemyśla, dokonany przez funkcjonariuszy niemieckich Einsatzgruppen podczas kampanii wrześniowej 1939 roku.
W trakcie inwazji na Polskę funkcjonariusze Einsatzgruppen dokonali szeregu mordów i pogromów na tle antysemickim, których celem było wywołanie masowego exodusu ludności żydowskiej na ziemie polskie okupowane przez Armię Czerwoną. Punktem kulminacyjnym tej operacji była masakra w Przemyślu. Między 16 a 19 września 1939 roku Niemcy zamordowali w tym mieście co najmniej 500–600 Żydów, czemu towarzyszyły masowe rabunki i palenie synagog. Była to jedna z największych zbrodni popełnionych przez Niemców podczas kampanii wrześniowej, a zarazem pierwsza zakrojona na tak szeroką skalę masakra Żydów podczas II wojny światowej.