Masakrze towarzyszyły rabunki i niszczenie mienia. Niemcy spalili m.in. renesansową Starą Synagogę przy ul. Jagiellońskiej, pobliską Synagogę Tempel, chasydzki klojz, a także rekwizyty teatru „Fredreum” złożone w południowej baszcie Zamku Kazimierzowskiego.
W trakcie masakry w mieście było obecnych wielu żołnierzy regularnej armii niemieckiej. Jochen Böhler uważa, że przynajmniej część z nich aktywnie wspierała funkcjonariuszy Einsatzgruppen w terroryzowaniu i mordowaniu Żydów. Jego zdaniem może o tym świadczyć brak jakichkolwiek wzmianek o tej masakrze w oficjalnych dokumentach Wehrmachtu, a także szereg rozkazów dotyczących utrzymania dyscypliny, wydanych w tym czasie przez dowództwo Wehrmachtu. 18 września 1939 generał Wilhelm List – dowódca niemieckiej 14 Armii, reprezentujący najwyższą władzę wojskową w południowej Polsce – wystosował tajne pismo, w którym krytykował „rozluźnienie dyscypliny i osłabienie norm moralnych, przede wszystkim w oddziałach operujących na tyłach frontu”, czego przejawem stały się nagminne grabieże, a także „samowolne rozstrzeliwania (…) znęcanie się nad bezbronnymi, gwałty i palenie synagog”. Następnego dnia List polecił także ukrócić z całą surowością „wszelkie środki stosowane przeciwko Żydom”.