Jesienią tego samego roku, po kilkumiesięcznym epizodzie w trzecioligowej drużynie rezerw, objął posadę trenera filii Morelii – zespołu Mérida FC, występującego w drugiej lidze meksykańskiej. Prowadził go bez większych sukcesów przez kolejnych kilka miesięcy, po czym powrócił na stanowisko asystenta trenera Morelii, tym razem,wspólnie z Carlosem Bustosem pracując u boku szkoleniowca Tomása Boya. W tej roli pozostawał przez następne trzy lata, w 2010 roku wygrywając rozgrywki SuperLigi, a w sezonie Clausura 2011 zdobywając tytuł wicemistrza Meksyku.
W lutym 2013 Hernández został szkoleniowcem kolejnej drugoligowej filii Morelii – Neza FC z siedzibą w mieście Nezahualcóyotl, z którą w wiosennym sezonie Clausura 2013 zwyciężył w rozgrywkach Ascenso MX. Wobec porażki w decydującym dwumeczu z La Piedad osiągnięcie to nie zaowocowało jednak awansem do najwyższej klasy rozgrywkowej, a bezpośrednio po tym zespół Nezy został rozwiązany. On sam powrócił do Morelii, gdzie podjął pracę w akademii juniorskiej klubu, a w marcu 2014, po odejściu z klubu Eduardo de la Torre, tymczasowo poprowadził pierwszy zespół w jednym spotkaniu. W lutym 2015 objął natomiast pierwszą drużynę Morelii na stałe, zastępując na stanowisku szkoleniowca zwolnionego Alfredo Tenę.