Po wojnie gmina weszła w skład terytorialnie zmienionego woj. pomorskiego, przemianowanego 6 lipca 1950 roku na woj. bydgoskie. Według stanu z 1 lipca 1952 roku gmina składała się z 14 gromad: Białebłota, Bobrowniki, Bobrowniki Pole, Bógpomóż Stary, Brzeźno, Dębówiec, Drozdowiec, Gnojno, Komorowo, Oparczyska, Ośmiałowo, Polichnowo, Rybitwy i ŻabieniecWykaz Gromad Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej według stanu z dnia 1.VII 1952 r., PRL, GUS, Warszawa. Gmina została zniesiona 29 września 1954 roku wraz z reformą wprowadzającą gromady w miejsce gmin.
Gminę Bobrowniki reaktywowano 1 stycznia 1973 w powiecie lipnowskim w województwie bydgoskim w związku z kolejną reformą administracyjną kraju. W jej skład weszło 13 sołectw: Barany, Białe Błota, Bobrowniki Osada, Bobrowniki Pole, Bógpomóż, Brzeźno, Brzustowa, Gnojno, Grabiny, Komorowo, Lisek, Polichnowo i RybitwyUchwała Nr XVIII/88/72 Wojewódzkiej Rady Narodowej w Bydgoszczy z dnia 6 grudnia 1972 w sprawie utworzenia gmin w województwie bydgoskim (Dziennik Urzędowy Wojewódzkiej Rady Narodowej w Bydgoszczy z dnia 9 grudnia 1972, Nr. 17, Poz. 200).. W ten sposób obszar gminy zmienił się w stosunku do 1954 roku, obejmując sołectwa Barany i Grabin, należące dawniej do gminy Kłokock oraz sołectwa Lisek i Brzustowa, należące dawniej do gminy Szpetal.