Do najwyższej klasy rozgrywkowej klub powrócił w 1953 roku i występował w niej przez kolejne cztery sezony, zdobywając kolejne tytuł wicemistrzowski w 1958 roku. W 1959 roku, przez kolejne kłopoty z zawodnikami, Salaverría sprzedał licencję Once Municipal zespołowi Atlético Constancia, który niebawem zmienił nazwę na Alianza FC. Po kilku sezonach spędzonych w drugiej lidze salwadorskiej drużyna po raz kolejny awansowała do Primera División w 1963 roku, spędzając w niej następne siedem lat bez większych sukcesów, po czym spadła na zaplecze najwyższej klasy rozgrywkowej w 1970 roku. Na początku lat 70. Once Municipal zaczął rozgrywać domowe mecze na własnym obiekcie, nazwanym później Estadio Simeón Magaña na cześć miejskiego lekarza Arturo Simeóna Magañii, który sprzedał klubowi ziemię pod budowę stadionu. Po raz kolejny ekipa grała w pierwszej lidze w latach 1976–1980 i w tym czasie odniosła kolejne spore sukcesy w swojej historii; dwa wicemistrzostwa Salwadoru, w sezonach 1976/1977 i 1977/1978. W latach 1980–1993 zespół występował w rozgrywkach drugoligowych, zaś w 1993 roku spadł do trzeciej ligi salwadorskiej.