Kontrastującą postacią dla bladego ciała Jana Chrzciciela jest młody i świeży wizerunek Jana Ewangelisty odzianego w wielki czerwony płaszcz, który przy zimnej palecie artysty jest jedyną gorącą plamą. El Greco w niezmienionej formie powtórzył kompozycję, jaką stworzył po raz pierwszy w 1600 roku. Wówczas namalował Jana Ewangelistę w towarzystwie św. FranciszkaObraz znajduje się w kolekcji Uffizi; identyczna jego kopia wykonana w 1608 roku znajduje się w Muzeum Prado.. W podobny sposób postacie są zwrócenie ku sobie, następuje niemy dialog świętych. Na płótnie z Toledo Franciszek został zastąpiony Chrzcicielem.W lewej ręce ukochany uczeń trzyma jeden ze swoich atrybutów – kielich z wychylającym się z niego wężem. I w tym przypadku El Greco skopiował detal z innego starszego dzieła z 1604 roku, na którym w półpostaci sportretował św. Jana trzymającego identyczny puchar. Wyjaśnienie symbolicznego znaczenia pucharu można znaleźć w apokryficznych Dziejach Jana z II wieku oraz w Złotej legendzie Jakuba de Voragine. Według legendy Aristodemus, kapłan z pogańskiej świątyni Diany w Efezie, zmusił św. Jana do wypicia kielicha z trucizną. Apostoł, zanim wypił napój, uczynił znak krzyża, co uratowało mu życie. Kapłan widząc cud nawrócił się na chrześcijaństwo, a wąż i kielich odtąd symbolizuje truciznę.