W ostatnich miesiącach 1620 lub 1621 kościół został do tego stopnia zniszczony (w wyniku najazdu turecko-tatarskiego), że Zofia z Zamiechowa wówczas już Tyszkiewiczowa, wojewodzina trocka mogła napisać, że ufundowała "kościół nowy z gruntu". Trzeba wiedzieć, że Zofia dysponował wówczas wielkim majątkiem, najprawdopodobniej zawłaszczonym od Potockich, którzy wyruszając w 1612 na wyprawę wojenną złożyli ogromny depozyt w Podhajcach. Jan Golski, mąż Zofii, po śmierci swojego brata (który przyjmował kosztowności) odmówił zwrotu depozytu, negując jego istnienie. Potoccy wytoczyli proces, wkrótce zmarł Jan Golski a Zofia zdołała się obronić przed składanymi przez Potocki żądaniami zwrotu skarbu. Mowa była m.in. o 70 000 złotych monet, złotych łańcuchach, pierścieniach i srebrnych zastawach. Jak domyślają się historycy, część z tego majątku Zofia poświęciła na wybudowanie kościoła. W testamencie sporządzonym w zamku podhajeckim Zofia wyraziła życzenie aby jej ciało było pochowane w kościele podhajeckim, który "sama zmurowała bez wszelkiej pompy światowej". Budowla została wzniesiona z piaskowca w stylu renesansowym z elementami stylu gotyckiego (postgotyk).