Po rozbiorach Polski Husiatyn znalazł się na terenie zaboru austriackiego. W 1786 na mocy dekretu cesarza Józefa II klasztor został zlikwidowany. Kościół należący dotąd do bernardynów został przekształcony w świątynię parafialną, zaś klasztor - w plebanię i siedzibę urzędu miejskiego. W latach 1913–1933 proboszczem parafii był ks. Władysław Matus, działacz społeczny i polityczny, poseł na Sejm I kadencji. W 1938 bernardyni ponownie objęli we władanie klasztor w Husiatynie, jednak już po sześciu latach musieli opuścić miasto, razem ze wszystkimi polskimi mieszkańcami. W odebranej katolikom świątyni rozlokowano fabrykę, a następnie magazyn środków chemicznych. W 1975 przeprowadzono częściowy remont zdewastowanych obiektów. Dopiero jednak w 1990 możliwe było przywrócenie budynków do ich pierwotnego przeznaczenia, w tym też roku zniszczone zabudowania odzyskał zakon bernardynów.