Największa masakra miała miejsce na terenie gospodarstwa Marcina Szyszki, w którego piwnicy ukryło się 21 kobiet i dzieci. Niemieccy żołnierze obrzucili piwnicę granatami, na skutek czego 13 osób zginęło na miejscu, a kolejne trzy zmarły w szpitalu z powodu odniesionych obrażeń. W gronie ofiar znalazła się m.in. żona Szyszki oraz jego czworo dzieci w wieku od 3 do 12 lat.
Z obliczeń Wacława Majchrzaka wynika, że 2 września 1939 w Wyszanowie zamordowano 22 Polaków. Jeżeli dodać do tego jeszcze dwóch mężczyzn zastrzelonych pod Mechnicami, to liczba ofiar pacyfikacji wzrasta do 24. W gronie zamordowanych znalazło się 11 dzieci. Niemcy spalili 27 gospodarstw – w tym 12 całkowicie a 15 częściowo.
Przyczyna i sprawcy Polscy historycy przypuszczali, że pacyfikacji dokonano w ramach zemsty za patriotyczną postawę zaprezentowaną przez mieszkańców Wyszanowa w latach 1918–1919 lub w odwecie za opór stawiany przez garstkę polskich żołnierzy w pobliskiej Lubczynie (folwark oddalony ok. kilometr od Wyszanowa). Z dokumentów, do których dotarł niemiecki historyk Jochen Böhler, wynika jednak, że masakra w Wyszanowie była efektem „partyzanckiej psychozy” panującej w szeregach Wehrmachtu. Podczas przemarszu niemieckiej jednostki przez wieś doszło do przypadkowej strzelaniny.