W latach 1859–1862 kościół został poddany neogotyckiej przebudowie przez Emila Karla Flaminiusa, który zrekonstruował maswerki w oknach, zbudował wieżyczki klatek schodowych, usunął barokowe wyposażenie, zbudował nowe sklepienia naw i prezbiterium, a w specjalnej wnęce umieścił przeniesione z innej budowli gotyckie „Drzewo Jessego”.
W lutym 1945 roku, podczas walk o miasto, kościół uległ zniszczeniu – utracono dachy, zawaliły się sklepienia i spłonęło wyposażenie. Natychmiast przystąpiono do odbudowy świątyni. W dniu 8 grudnia 1947 zostało poświęcone odbudowane prezbiterium (proj. inż. Zbigniew Knothe). Od 1956 roku, kiedy proboszczem został ks. Tadeusz Sorys, rozpoczęto prace rekonstrukcyjne nawy głównej, które miały przywrócić świątyni pierwotny wygląd gotycki. Prace były wykonywane według projektu bytomskiego plastyka Pawła Sznela. Prace rozpoczęły się w dniu 20 maja 1956 roku, a odbudowa wnętrza budowli została zakończona 21 kwietnia 1957 roku. W tym samym roku, poznański malarz P. Padee, namalował na ścianach prezbiterium sześć scen z życia Jezusa Chrystusa. Rok później, w 1959 roku, poznański organomistrz Saganowski zbudował organy. Po ukończeniu prac związanych z nawą, rozpoczęły się prace przy odbudowie wieży.