right|thumb|Sukarno, twórca niepodległej Indonezji
Wczesna historia Homo sapiens dotarł do regionu około 43 tys. lat p.n.e. Ludy austronezyjskie, które stanowią większość współczesnej populacji, migrowały do Azji Południowo-Wschodniej z dzisiejszego Tajwanu około 2000 lat p.n.e. Sprzyjające warunki rolnicze i opanowanie uprawy ryżu na wilgotnych polach już w VIII wieku p.n.e. pozwoliły na rozkwit wiosek, miasteczek i małych królestw do I w. n.e. Strategiczne położenie archipelagu nad morzem sprzyjało rozwojowi handlu między wyspami archipelagu jak również Indyjskimi królestwami i chińskimi dynastiami. lewo|mały|Świątynia Prambanan na tle wulkanu Merapi Od VII w. n.e. królestwo morskie Śriwidźaja kwitło w wyniku handlu oraz wpływów hinduizmu i buddyzmu. Między VIII a X wiekiem buddyjskie dynastie Sailendra i hinduskie Mataram rozkwitały i upadały na Jawie, pozostawiając wspaniałe zabytki religijne, takie jak Borobudur Sailendry i Prambanan Mataramy. Hinduskie królestwo Majapahit zostało założone na wschodniej Jawie pod koniec XIII wieku, a pod rządami Gajah Mada jego wpływy rozciągały się na znaczną część dzisiejszej Indonezji. Okres ten jest często określany jako „złoty wiek” w historii Indonezji.