Suharto zwrócił się przeciw dotychczasowym sojusznikom Sukarno z lewicowej partyzantki na Borneo i wsparł rząd malezyjski w jej zwalczaniu. Rządy Suharto szybko zyskały przeciwników, w kraju rozwinął się separatyzm, przeciwko rządowi swoją kampanię rozpoczął partyzancki Ruch Wolnej PapuiRichard Chauvel, Ikrar Nusa Bhakti, The Papua conflict: Jakarta's perceptions and policies, 2004, , . W 1975 roku Indonezja zajęła byłą kolonię portugalską Timor Wschodni, co spowodowało długoletni konflikt rządu indonezyjskiego z tamtejszym ruchem niepodległościowym FRETILIN zakończony uzyskaniem przez Timor Wschodni niepodległości 20 maja 2002. W 1975 roku rozpoczęła się trwająca do 2005 roku separatystyczna rebelia Ruchu Wolnego AcehuAmnesty: Indonesia 'failing to uphold' Aceh peace terms. W maju 1998, dwa miesiące po ostatniej reelekcji, fala protestów społecznych zmusiła Suharto do ustąpienia. W 2001 roku prezydentem Indonezji wybrano córkę Sukarno, Megawati Soekarnoputri.
Od początku XXI wieku kraj nękają zamachy terrorystów islamskich m.in. z grupy Dżama’a Islamijja.
Przypisy