Pierwsza z nich polega na nacięciu przez chirurga torbieli i usunięciu z niej zalegającego płynu. Następnie wycina się ok. 0,5 cm zdrowej tkanki, a w następnej kolejności dokładnie oczyszcza skórę, aby uniknąć ponownego zakażenia. Zabieg wykonuje się w znieczuleniu miejscowym. Rany pooperacyjne goją się długo (ok. 2–3 miesiące), a u ponad 50% pacjentów występuje nawrót choroby.
Najskuteczniejszą metodą jest całkowite wycięcie zmienionej chorobą tkanki. Zabieg przeprowadzany jest w znieczuleniu ogólnym lub podpajęczynówkowym, a po jego zakończeniu wymagany jest kilkudniowy pobyt w szpitalu (ok. 1–3 dni). Istnieje wiele metod operacji. Dawniej wycinano torbiel z pozostawieniem rany niezeszytej w celu jej samoistnego wygojenia. Skutkowało to długim okresem gojenia (kilka miesięcy). Współcześnie stosuje się metody całkowitego wycięcia torbieli z pierwotnym zeszyciem rany. Skraca to znacznie czas gojenia do kilku tygodni. Ponadto w celu usunięcia przyczyny powstawania torbieli stosuje się operacje mające na celu przemieszczenie szpary pośladkowej poza linię pośrodkową ciała np. wycięcie sposobem Bascoma II, Karadakisa lub z plastyką skóry metodą Limberga oraz sposobem „V-Y”, „Z”.