Działalność Pomijając jakość jego własnych tekstów, rozgłos w Niemczech przyniósł mu jego wpływ na krytykę tekstu. Z Johannem Salomo Semlerem pracował nad reformą teologii luterańskiej, wspólnie z Johannem Matthiasem Gesnerem stworzył nową szkołę starożytnej literatury. Odkrył gramatyczne subtelności w języku łacińskim odnoszące się do następstwa czasów. Z powodu jego znajomości łaciny nazywano go „Germanorum Cicero“( niemiecki Cyceron).
Jako wydawcę klasycznej literatury greckiej nie można go porównać z współczesnymi mu holenderskimi filologami takimi jak Tiberiusowi Hemsterhuis, Lodewykowi Kasparowi Valckenaer, Davidowi Ruhnken lub z jego kolegą Johannem Jacobem Reiske. Wyższość jego krytyki tekstów została nie raz potwierdzona. Jemu i Johannowi Matthiasowi Gesnerowi należy podziękować, że wychowali wielu doniosłych filologów.
Ernesti jako teolog może rościć sobie pretensje do czołowego miejsca wśród przedstawicieli hermaneutyki. W tej dziedzinie jego zasługi są wspaniałe. W 1761 roku wydał Institutio Interpretis N. T.. W tym dziele znajdują się ogólne zasady interpretacji bez pomocy jakiejkolwiek filozofii, które zostały rozwinięte z obserwacji i reguł. Chociaż już je opisali i stosowali znani autorzy, nigdy ściśle nie zostały zastosowane w biblijnej egzegezie.