Po trzydniowej ofensywie, wznowionej po tym jak rebelianci oskarżyli prezydenta o złamanie porozumienia z Libreville, rebelianci zajęli 24 marca stolicę kraju - Bangi. Prezydent François Bozizé uciekł z kraju, a Djotodia ogłosił się w jego miejsce prezydentem. Lider Seleki zadeklarował wolę przeprowadzenia demokratycznych wyborów w ciągu trzech lat oraz zachowanie rządu skonstruowanego na podstawie ustaleń z Libreville. Jednak nie wszystkie ugrupowania rebelianckie uznały Djotodię jako prezydenta kraju. Mimo tego 28 marca 2013 został uznany przez wojskowych jako prezydent kraju.
31 marca 2013 Djotodia ogłosił powołanie rządu tymczasowego, w którym przejął samodzielnie pięć ministerstw siłowych z 34 resortów. Na stanowisku premiera pozostał Nicolas Tiangaye. Samozwańczy prezydent poinformował, iż na stanowisku pozostanie do czasów wyborów prezydenckich, wstępnie planowanych na 2016. Formalnie zaprzysiężony na stanowisku prezydenta został 18 sierpnia 2013.
Za rządów Djotodii, Republika Środkowoafrykańska pogrążyła się w totalnej anarchii, stając się państwem upadłym, w którym wybuchła wojna domowa między chrześcijanami i muzułmanami.