Historia Wzniesiony u schyłku XIV wieku kościół św. Barbary był dawniej świątynią cmentarną. Przestrzeń między nią a parafialnym kościołem Mariackim zajmował cmentarz, służący przede wszystkim krakowskim mieszczanom. Jednym z nich, pełniącym funkcję rajcy miejskiego, był Adam Szwarc (nota bene brat Jerzego, archiprezbitera kościoła NMP), który miał uposażyć dla hortus Domini ołtarz, co miało miejsce w 1488 roku. Altarię zaś erygował, zgodnie z wolą zmarłego już fundatora (który spisał testament w 1509 roku), biskup Jan Konarski 24 maja 1516 roku. Odtąd przy ołtarzu kaplicy dwa razy w tygodniu odbywała się liturgia, prawdopodobnie za dusze zmarłych.
W roku 1583 kościół św. Barbary przejęło Towarzystwo Jezusowe, przy czym kaplica ogrojcowa zachowała status quo; w celu podkreślenia autonomiczności arkadę północną przekształcono na wejście do Ogrojca dla mieszczan i parafian. W Wielki Czwartek, w latach 1655–1656, kaplica była punktem docelowym procesji z kościoła Franciszkanów organizowanego przez tamtejsze Bractwo Męki Pańskiej. W roku 1786 patronat nad kaplicą objęła parafia mariacka. W XVIII wieku dwukrotnie przebudowano kaplicę: w 1743 roku dach nakryto dachówką, około 1750 arkady zamknięto kratami i drewnianymi okiennicami.