Następny gwardian radziejowskich zakonników o. Antoni Gniazdowski, odremontował spalony przez Szwedów korpus nawowy, został on oddzielony od prezbiterium łukiem tęczowym, a dach nad korpusem został pokryty gontem. Następny gwardian o. Zygmunt Cyrus kupił organy i wybudował ołtarz św. Rocha. W świątyni została położona ceglana posadzka, kościół został pokryty dachówką, natomiast zakrystia została zabezpieczona murowanym sklepieniem. Choć nie zostały odkryte żadne fragmenty podziemnego korytarza łączącego świątynię z istniejącym wtedy zamkiem, najprawdopodobniej ukryte przejście między dwoma budowlami rzeczywiście istniało. W 1704 roku Szwedzi ponownie spalili kompleks klasztorny zakonników. Przez około 40 lat franciszkanie nie mając środków finansowych na odbudowę, mieszkali w zniszczonym klasztorze i odprawiali nabożeństwa w kaplicy przy klasztorze. Świątynia została odbudowana w 1748 roku, dzięki funduszom starosty radziejowskiego Józefa Sokołowskiego, a w 1750 została zakończona budowa drewnianego klasztoru na rzucie trójkąta. Budynek klasztoru, nakryty był gontami i dzielił się na trzy części. W pierwszej, nad zakrystią, była umieszczona cela ojca kaznodziei, a poniżej, obok zakrystii, dwie inne cele. W części środkowej, drugiej, mieściły się: kuchnia, refektarz, dwa składziki i większa cela, zaś w trzeciej – cztery cele.