Przebieg masakry 5 września żołnierze Dywizji „Kempf” urządzili w Krasnosielcu zakrojoną na szeroką skalę łapankę. Zatrzymano wówczas kilkudziesięciu mężczyzn narodowości polskiej i żydowskiej, których zmuszono do pracy przy naprawie mostu. Zarówno w trakcie łapanki, jak i podczas pracy przy moście, Żydzi byli traktowani w brutalny sposób. Żołnierze bili ich i upokarzali, miały miejsce wypadki obcinania bród i pejsów. Świadkowie zeznawali, że nad brzegiem Orzyca zastrzelono 2-3 Żydów w podeszłym wieku. Żołnierze mieli także wrzucić jednego bądź dwóch Żydów do bagna, a następnie przywalić ich kłodami drewna.
Wieczorem Niemcy zapędzili wszystkich robotników do miejscowej synagogi. Po pewnym czasie Niemcy odseparowali jednak Polaków od Żydów, po czym odprowadzili tych pierwszych do budynku stojącego przy pobliskim rynku (kilku młodych Żydów zdołało wówczas wymknąć się wraz z Polakami). Następnie żołnierze ponownie zaczęli znęcać się nad Żydami. Przy akompaniamencie drwiących okrzyków („Wasz Bóg jest bardzo dobry! Módlcie się do swojego Boga!