Historia Teren gminy Kolbudy do 1920 znajdował się częściowo w powiecie kartuskim, a częściowo w powiecie gdańskim. Podobnie jak teren gminy, w obu powiatach znajdował się teren miejscowości Kolbudy. Część zachodnia, nazywająca się Kolbudy Górne, leżała w powiecie kartuskim, a część wschodnia – Kolbudy Dolne – w powiecie gdańskim. Granicę stanowiła rzeka Radunia.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, utworzeniu Wolnego Miasta Gdańska oraz delimitacji granic, cały teren przyszłej gminy znalazł się w granicach Wolnego Miasta Gdańsk ze względu na znaczną przewagę ludności niemieckiej. Obszar gminy włączono do powiatu Danziger Höhe. Siedzibą władz powiatowych był Gdańsk, który znajdował się poza terenem powiatu. 1 września 1939, po przejęciu Wolnego Miasta Gdańska przez Niemcy, powiaty Gdańskie Wyżyny i Gdańskie Niziny zostały ze sobą połączone w powiat Gdańsk Wieś.
30 marca 1945 wszedł w życie Dekret o utworzeniu województwa gdańskiego. W skład nowego województwa wszedł teren gminy..
W 1975, po zmniejszeniu województwa gdańskiego, gmina Kolbudy Górne pozostała jego częścią. 20 grudnia 1998 wsie Kolbudy Górne i Kolbudy Dolne zostały oficjalnie połączone, mimo tego nazwa gminy nie została zmieniona.