na jednej widocznej dłonie widoczne są stygmaty Chrystusowe. Dłonie zakończone są długimi palcami. Wyraz twarzy i spojrzenie Franciszka wskazuje na jego gorliwą wiarę i miłość do wszystkiego co go otacza. Przed nim leży ludzka czaszka symbolizująca przemijanie u kruchość ludzkiego bytu. Obok niej znajduje się podpis greckimi majuskułami.
Inne wersje Święty Franciszek w ekstazie – (1576-79) (José Gudiol), (1577-80) (Harold Wethey), 87 × 60 kol. prywatna Nowy Jork Święty Franciszek w ekstazie – (1576-79) (Jose Gudiol), 89 × 57 Museo Lázaro Galdiano; wcześniej obraz znajdował się w kolekcjach: Portilla Collection (Madryt); Rafaela García, Palencia; nabyty w Bilbao przez Señor Nardiz z kolekcji Salazar Collection. W 1913 roku trafił do muzeum Lazaro. Święty Franciszek w ekstazie – (1579-1586) (José Gudiol), 90 × 80 Santa Olall w Toledo.
W National Gallery of Ireland znajduje się równie podobna wersja Świętego Franciszka, jednakże Harold Wethey podważył w 1962 roku atrybucje obrazu i przypisał go szkole El Greca.