Krótko po utworzeniu kompanii muszkieterów powstała druga podobna kompania sformowana przez kardynała Richelieu, która pełniła te same funkcję co muszkieterzy królewscy w stosunku do osoby kardynała. Po śmierci Richelieu w 1642 roku oddział odziedziczył jego następca - kardynał Mazarin, który rozwiązał tę formację w 1646 roku. W 1657 roku zdecydował się jednak na jej odtworzenie w liczbie 150 żołnierzy. Po jego śmierci kardynalscy muszkieterowie przeszli pod komendę króla Ludwika XIV i dołączyli do muszkieterów królewskich. W 1664 roku w wyniku reformy muszkieterów podzielono na dwa oddziały. Jeden z nich nazwano szarzy muszkieterowie (fr. "mousquetaires gris"), a drugi czarni muszkieterowie ("mousquetaires noirs"). Nazwy wzięły się od koloru koni, których dosiadali. W tym samym czasie ich liczbę podwojono.
Formacja muszkieterów w tym okresie uważana była za jeden z najbardziej prestiżowych oddziałów wojska francuskiego. Mogły w niej służyć jedynie osoby pochodzenia szlacheckiego. Służba w tej formacji mogła zapewnić w przyszłości dużą karierę żołnierzowi.