Położył podstawy do naukowego traktowania greckiej mitologii przez swoje wydanie Apollodor (1782/87) i liczne wykłady o podstawowych problemach nauki greckich mitów. W archeologii stworzył początki naukowe etruskologii.
Znaczenie Heyna dla klasycznej filologii leży przede wszystkim w wielokierunkowym poszerzeniu filologicznych widnokręgów. Jego naukowe działania są zbliżone do tych Friedricha Augusta Wolfa. Z drugiej strony – znaczenie Heyna nie ogranicza się do fachowej wiedzy. Żeby świadomie przeżyć antyczne poematy, stworzył związek między antycznym i nowoczesnym duchem.
Prowadził korespondencję z wieloma wielkimi reprezentantami literatury jego czasu m.in. Christianem Gellertem, Johannem Wolfgangem von Goethe, Albrechtem von Hallerem, Johannem Gottfriedem Herderem. Szczególnie przyjacielskie stosunki łączyły go z Gottholdem Lessingem, którego jako uczonego bibliotekarza, jak również literata i krytyka wysoko cenił. Obudził i wydobył zamiłowanie do antyku w szerokim otoczeniu, stworzył przesłankę do tego, żeby z dyscypliny naukowej duchowy ruch mógł wytrysnąć nowy humanizm (Neuhumanismus) Wilhelma von Humboldta i Friedricha Augusta Wolfa.