Tydzień później, 12 lipca 1989, Adam Michnik prowadził w Wydziale Zagranicznym Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego w Moskwie rozmowy polityczno-organizacyjne z jego szefem, Jurijem Graczowem.

Pomiędzy 12 kwietnia a 27 czerwca 1990 wraz z trzema innymi osobami (historykami Andrzejem Ajnenkielem i Jerzym Holzerem oraz dyrektorem Archiwum Akt Nowych Bogdanem Krollem) uzyskał dostęp do wybranej części archiwów MSW. Grupa ta uzyskała potoczną nazwę „Komisja Michnika” i została powołana z inicjatywy Henryka Samsonowicza. Wynikiem trzymiesięcznych prac był krótki raport, stwierdzający niekompletność archiwów.

W 1990 wybuchł konflikt polityczny, tzw. wojna na górze, zaś za głównego ideologa uczestniczącej w niej strony uznawany był Adam Michnik w opozycji do Lecha Wałęsy, przewodniczącego NSZZ „Solidarność”. We wrześniu 1990 Komisja Krajowa „Solidarności” podjęła uchwałę o odebraniu „Gazecie Wyborczej” prawa do zamieszczania przy winiecie znaczka „Solidarności”, zarzucając jej redakcji „tendencyjność artykułów, które mają na celu zdyskredytowanie, jak i również ośmieszenie przewodniczącego kol. Lecha Wałęsę” oraz wskazując, że „Gazeta nie jest organem informacyjnym „S”, tylko spółką prywatną”.